Havnesporet var et sidespor til banestrækningen Skanderborg-Silkeborg, men en for byen meget væsentlig strækning. Det udgik fra [[Silkeborg Banegård]] og blev brugt til rangering af godsvogne til og fra [[Silkeborg Papirfabrik]], senere til [[Jydsk Trikotagefabrik]], [[Silkeborg Andelssvineslagteri]] og [[Reimar Nielsens Tømmerhandel]].
Oprindelig kaldtes sporet "Hestebane", fordi al rangering foregik med heste. Som udviklingen skred frem og godsmængden steg, udskiftedes hestene med små rangerdamplokomotiver og til sidst med dieseldreven dieseldrevne rangertraktorer.
Havnesporet passerede Drewsensvej ved Amaliegade, hvor der var afspærret ind til stationsarealet med en gitterlåge. Sporet fortsatte derefter langs med tidligere [[Jydsk Trikotagefabrik]] (nu [[Amaliegården]]) og det tidligere [[Sønderport]], hvor der oprindelig endvidere var et sidepsor til udveksling af varer til [[Silkeborg Mølle]] inde bag ved. På den anden side af denne strækning fulgte sporet den flisebelagte sti [[Barberstien]].