Der er ingen tilløb eller afløb til søen.
[[==Navnet ”Mørksø”]]==
Navnet "Mørksøe" optræder første gang på et matrikelkort fra 1793. Forleddet er adjektivet ”mørk”, som fomodentlig hentyder til søens sure, mørke vand. På ældre geodætiske kort synes navnet på søen at være Hoksmose.