Mørksø indgår i [[EF-habitatområde H181 Silkeborgskovene]], som består af dele af skovene og søerne i [[Søhøjlandet]] syd og øst for Silkeborg.
Mørksø er helt uberørt af menneskehånd, og er en såkaldt [http://da.wikipedia.org/wiki/Højmose] Højmose_ højmosesø], som er karakteriseret ved sit sure vand, der er brunfarvet af opløste humusstoffer. Foruden Mørksø er der to andre brunvandede søer i nordenden af Østerskov - [[Uglesø]], [[Avnsø]], som alle er omgivet af artsrig mosenatur.
En højmosesø er omgivet af en hængesæk af tørvemos (sphagnum), som er vokset ud over vandoverfladen. De døde plantedele, der bliver afsat hvert år fra det flydende plantelag, ender til sidst med at fylde søen helt op, og en egentlige højmose kan herefter dannes. Det betyder, at man ikke uden at få våde fødder kan nå ud til det mørke, dystre vand.
Navnet "Mørksøe" optræder første gang på et matrikelkort fra 1793. Forleddet er adjektivet ”mørk”, som fomodentlig hentyder til søens sure, mørke vand. På ældre geodætiske kort synes navnet på søen at være Hoksmose.
[[Mørksøvej ]] i den nordøstlige del af Virklund har navn efter Mørksø.
Nord for [[Salten Langsø]] ligger også en sø ved navn [[Mørksø (Salten Langsø) | Mørksø]].