Størstedelen af vandtilførslen til vest- og midterbassinet kommer fra [[Ørnsø]] gennem [[Lyså]]. Det østlige bassin gennemstrømmes af Gudenåen, som løber ind i søen lige ved [[Slotsholmen]] hvilket betyder at vandets opholdstid er ganske kortvarig. Mod øst ved [[Ringvejsbroen]] løber søen igen ud i Gudenåen.
==Broer over Silkeborg Langsø==
Før 1854 udgjorde Silkeborg Langsø en hindring for forbindelsen mellem det nordlige opland og Silkeborg. Når man skulle til Silkeborg Slot eller [[Silkeborg Hovedgård]] fra nord, måtte man drage til [[Resenbro]] for at krydse åen eller til [[Lysbro]]. Disse omveje skabte basis for en færgefart, som kendes langt tilbage i tiden. Færgemandens hus lå på søens nordlige bred lige nedenfor [[Færgebakken]] – et stednavn som vidner stadig om dette. Med anlæggelsen af Silkeborg i 1846 steg behovet for en hovedvej direkte til Viborg – men også en vej, der kunne knytte det nordlige opland tættere til den opvoksende by. Der blev derfor i 1854 anlagt en dæmning og bro over søen på statens regning - [[Viborgbroen]].