Følgende søer henregnes til "Gudenåsystemets søer":
- Birksø
- Blidsø
- Bryrup Langsø
- Døjsø
- Engetved Sø
- Gedde Sø
- Gjessø
- Grane Langsø
- Gretbjerge Sø
- Gudensø
- Hald Sø
- Halle Sø
- Hinge Sø
- Hummelsø
- Hund Sø
- Hylke Sø
- Kalgård Sø
- Karlsø
- Knudsø
- Kong Sø
- Kulsø
- Kvindsø
- Langå Sø
- Lille Langsø
- Lillesø, Silkeborg
- Lillesø, Skanderborg
- Loldrup Sø
- Mossø
- Naldal Sø
- Nederskov Sø
- Oversø
- Ravnsø
- Ring Sø
- Ry Møllesø
- Ræv Sø
- Røde Sø
- Salten Langsø
- Sminge Sø
- Snabel Igelsø
- Stejholt Sø
- Stigsholm Sø
- Søbygård Sø
- Tange Sø
- Torup Sø
- Vedsø
- Velling Igelsø
- Vessø
- Vestermose
- Viborg Nørresø
- Viborg Søndersø
- Væng Sø