Navnet "Borger Aae" kendes fra et matrikelkort fra 1793.
Steder med forleddet "Borger" eller "Borre" ses i øvrigt anvendt flere steder i området. Ca. 1 km. nordvest for Borre Sø ligger [[Borgehøj]], som nævnes i [[Markbogen]] fra 1683 - her betegnet "Borregaard Høys Fald". Umiddelbart øst her for ligger desuden [[Borgedal]] eller "Borcherdall Fall", som det også anføres i Markbogen, mens det på et matrikelkort fra 1795 er blevet til "Borge Dal".
Forleddet er substantivet "borggård" i betydningen "gård" (ejendom), der tilhører en gård, i dette tilfælde måske en befæstet gård i Virklund. Se i øvrigt "[[Borre Sø]]".