I Nordskoven ligger [[Hårup Sande]], hvor flyvesand med lave klitter har overlejret den mere næringsrige jordbund. Området er meget næringsfattigt og indeholder nu en lysåben fyrreskov og mindre hedeområder med en artsrig svampeflora og en skovbund med lyng og laver.
Søerne, hvoraf de største er [[Julsø]], [[Borre Sø]], [[Brassø]] og [[Silkeborg Langsø]], udgør ca. 1/6 af habitatområdets areal. Af andre søer kan nævnes: [[Almind Sø]], [[Avnsø]], [[Ellesø]], [[Mørksø]], [[Pøt Sø]], [[Slåensø]], [[Thorsø]], [[Tranevig]], [[Uglsø]] og [[Ørnsø]].
Den lysåbne natur udgør kun en meget lille del af området. I dalen mellem Vesterskoven og [[Rustrup Skov]] ligger kærområdet [[Jenskær]].