Følgende søer henregnes til "Gudenåsystemets søer":
- Bryrup Langsø
- Døjsø
- Engetved Sø
- Gjessø
- Grane Langsø
- Hald Sø
- Halle Sø
- Hinge Sø
- Hummelsø
- Hylke Sø
- Kalgård Sø
- Karlsø
- Knudsø
- Kongssø
- Kulsø
- Kvindsø
- Langå Sø
- Lillesø, Silkeborg
- Lillesø, Skanderborg
- Loldrup Sø
- Mossø
- Naldal Sø
- Nedenskov Sø
- Ravnsø
- Ring Sø
- Ry Møllesø
- Rævssø
- Salten Langsø
- Stigsholm Sø
- Søbygård Sø
- Tange Sø
- Torup Sø
- Vedsø
- Velling Igelsø
- Vessø
- Vestermose
- Viborg Nørresø
- Viborg Søndersø
- Væng Sø