Havnesporet var et sidespor til banestrækningen Skanderborg-Silkeborg, men en for byen meget væsentlig strækning. Det udgik fra Silkeborg Banegård og blev brugt til rangering af godsvogne til og fra Silkeborg Papirfabrik, senere til Jydsk Trikotagefabrik, Silkeborg Andelssvineslagteri og Reimar Nielsens Tømmerhandel.
Oprindelig kaldtes sporet "Hestebane", fordi al rangering foregik med heste. Som udviklingen skred frem og godsmængden steg, udskiftedes hestene med små rangerdamplokomotiver og til sidst med dieseldrevne rangertraktorer.
Havnesporets forløb
Havnesporet passerede Drewsensvej ved Amaliegade, hvor der var afspærret ind til stationsarealet med en gitterlåge. Sporet fortsatte derefter langs med tidligere Jydsk Trikotagefabrik (nu Amaliegården) og det tidligere Sønderport, hvor der oprindelig endvidere var et sidepsor til udveksling af varer til Silkeborg Mølle inde bag ved. På den anden side af denne strækning fulgte sporet den flisebelagte sti Barberstien.
Efter at have passeret Christian 8.s Vej gik sporet forbi Silkeborg Politistation og Silkeborg Husholdningsskole for til sidst at ende ved Åhavevej og slusen.
Ved Østergade delte sporet sig, som det havde gjort fra hestebanens tid. Den højre gren blev via en bro ved opstemningen af Remstrup Å ført ind på papirfabrikkens grund - denne bro var spærret med en gitterport.
Den venstre gren fortsatte mod Søtorvet. Der var oprindelig spor helt over til gasværket på Søvej. Dette blev dog fjernet i begyndelsen af 1970'erne, da gasværket blev nedlagt. I midten af 1930'erne blev denne del af sporet endvidere forlænget med en bro (siden 2002 "Godsbroen") over åen helt over i Paprifabrikens have bag Smedebakken.
Sporanlægget fjernes
Lastbiltrafikken overtog efterhånden mere og mere transport af gods og virksomhederne på strækningen enten flyttede eller blev nedlagt. Den sidste virksomhed, der benyttede sig af Havnesporet var Silkeborg Papirfabrik. I slutningen af 1994 ophørte papirfabrikken med at benytte godsvogne til transport, hvorefter DSB Gods nedlagde sit rangerberedskab. Dermed var det slut med trafik på Havnesporet.
Fjernelsen af sporanlægget med skinner og sveller er siden sket etapevis, især efter at Silkeborg Papirfabrik lukkede i 2000, og den ny bydel Papirfabrikken begyndte at tage form.
I 2002 blev sporene fra Østergade og frem mod Viborgbroen fjernet, i 2006 kom turen til strækningen fra Silkeborg Museum til udmundingen af Christian 8.s Vej, mens de sidste sveller og skinner i havneområdet langs med Åhavevej blev fjernet i april 2009.
En rest af skinner ses stadig (2010) på strækningen mellem Christian 8.s Vej og Drewsensvej.