Silkeborg Museumsforening kunne i januar 1954 indvie byens museum i Hovedgården. Allerede i 1951 havde museet fået overdraget et par lokaler til museumsudstilling, men i 1954 overtog Silkeborg Museum den anden (den vestlige) halvdel af hovedbygningen. Silkeborg Museum overtog hele Silkeborg Hovedgård i 1975, og museet foretog i 1990-91 en udvidelse af museet med en nybygning i museumshaven.
Silkeborg Hovedgård er en af Silkeborgs få fredede bygninger.