Navnet Virklund er kendt i skriftlige kilder fra slutningen af 1300-tallet - dog med efterleddet "lang", som menes at være et tidligere navn for Thorsø. Virklund ses første gang benyttet i Matriklen fra 1688. Forleddet "Virk" eller "wirki" er et gammel dansk ord for "befæstning" eller "forsvarsværk", som vi også kender det i Dannevirke. "Virklang" var altså borgen i den lange sø.
I 1994 og 1995 gjorde to amatørdykkere en række opsigtsvækkende fund på bunden af Thorsø udfor det offentlige badested i den østlige ende. Man fandt henholdsvis en række egestolper på ca. 2 meters dybde og med tykkelse på 30x30 centimeters samt et lerkar og en bronze-jydepotte. Stolperne er siden blevet dateret og stammer fra træer fældet i ca. 1333. Danmark var uden konge fra 1332 til 1340 og Grev Gerts tropper hærgede i området. Egestolperne har således nok været en del af en bygning og et forsvarsanlæg midt ude i søen. Det var altså sandsynligvis opført på stolper og adgangen til land er sikkert foregået via en lille bro.
En opmåling af anlægget foretaget af Nationalmuseet i 1999 viste, at den tilhørende bygning har været 5,5x 5,5 m og har ligget i et sumpet område, idet søens vandstand på daværende tidspunkt var 2 m. lavere end i dag.
Virklund var indtil 1970 en del af Them Kommune, men i forbindelse med kommunalreformen blev Virklund den 1. april 1970 en del af Silkeborg kommune.
Virklundvej har sit navn, fordi den udgør den gamle vej gennem landsbyen Virklund.